Но лишь при его сыне, Фридрихе Великом, эту идею начали наконец осуществлять, и немаловажную роль здесь сыграл обер-президент Пруссии Фридрих фон Домхарт. Строительство началось в 1764 году, почти сразу после окончания Семилетней войны (1756-1763 гг.) под его присмотром: было прорыто ложе длиной в 50 км, вода по нему текла из одного из Мазурских озер к Алленбургу, а там впадала в Алле. За 12 лет работ проект был выполнен и канал начал функционировать: по нему пустили лодки, нагруженные различными товарами, и баржи. В 1781 году Домхарт умирает, и о канале стали со временем забывать. Не слишком глубокое русло заболотилось, а береговые насыпи стали разрушаться.

Прошел целый век, прежде чем Мазурский канал вновь заинтересовал правительство. В 1874 году разработали свежий план его строительства, и на этот раз с применением шлюзов. Однако к выполнению задач приступили не сразу, а спустя 34 года. Этот большой перерыв был связан с вопросами организационного характера и денежными ресурсами, необходимо было всё это согласовать и утвердить.

В 1908 году строительство началось. Руководили проектом два управления из Инстербурга, один — северной частью канала, другой — южной. В 1914 году в связи с началом Первой Мировой войны работы были приостановлены, однако к тому моменту большая часть шлюз уже была готова. Через 8 лет строительство возобновилось, но ненадолго. Приближалась Великая депрессия, и финансировать постройку уже не удавалось.

Шёл 1934 год, когда на Мазурский канал снова обратили внимание. В это время Германию начали облагораживать (к власти тогда пришёл Гитлер), строились дороги, и в связи с этим территория вокруг канала обросла бараками, по берегам появились рельсы, по которым ездили вагонетки, начали работать экскаваторы. Строительство развернулось во всю, было привлечено много рабочих рук, но несмотря на это, правительство следило за тем, чтобы всё это сохранялось в секрете. Никаких съёмок на месте не проводилось, на топографических картах тех лет не изображены шлюзы и южное русло канала. Мы можем предположить, что секретность нужна была для того, чтобы в будущем по этому водному пути транспортировать военные грузы.

Началась Вторая Мировая война, однако это не помешало продолжающемуся строительству. Лишь когда немецкой армии были нанесены ответные удары, работы были прекращены. В 1945 году на Германию начала наступать Красная армия, и мосты, находящиеся над каналом, пришлось взорвать. Чуть позже в том же году было принято решение провести новую границу, разделяющую государства Польшу и СССР, и она как раз перерезала Мазурский канал. На этом его история завершилась, и полностью его так и не достроили.